İlk resim çalışmalarına canı istediğinde başladı. Romanya Yaş Güzel Sanatlar Akademisi’nde resim öğrenimi gördü. Paris'te Dört yıl boyunca Julian Akademisi’inde André Lhote’un öğrencisi oldu. Bu sürede Monet ve Cezzane’nın eserlerini inceledi. Onlardan röprodüksiyon çalıştı. 1930 yılında Paris’te tanıştığı kendisi gibi resim sanatçısı olan Bedri Rahmi Eyüboğlu ile 1936 yılında evlenerek İstanbul’a döndü. İki resim sanatçısı eş olarak yaşamlarını sürdürmeye başladıkları Türkiye’nin dört bir yanını dolaşarak Anadolu insanının yaşam biçimini tuvallerine folklorik özellikleri plastik ögelerle birleştirerek yansıttı.

Bedri Rahmi Eyüboğlu ile birlikte D Grubu’na katıldı. Topluluğun etkinliklerinde önemli rol üstlenen sanatçı resimlerinde soyutlamacı ve Ekspresyonist görüşü ile Anadolu insanına ve doğal yaşama yönelik konular işledi. 1950’li yıllarda Picasso ve Braque gibi usta ressamlardan çalıştığı kopyalar sayesinde yapıtlarında ayrıntıdan uzaklaşarak; sadeliğe, ritmik çizgi ve heyecan verici , coşkulu renk uyumuna yöneldi. Eşi Bedri Rahmi Eyüboğlu’nun nakışçı stiline karşın, yöresel anlatımlara ulaşmada plastik ögelere eğilimi ağır bastı.

Temalarına Çağdaş bir yorum kazandıran Eyüboğlu, Üç Güzeller, Dört Güzeller gibi mitolojik konulu resimler de yaptı. Resmin yanında Mozaik da çalıştığı 1956’da Ankara Etibank, 1957’de 4. Levent Konut Duvarları, 1978de Ankara Çocuk Hastanesi , Cerrahpaşa Hastanesi ile 1979 yılında Haydarpaşa Göğüs Hastalıkları Hastanesi için gerçekleştirdiği mozaik panolardan anlaşılmaktadır. Geride çok sayıda sanat eseri bırakan Eren Eyüboğlu, 2009 yılında İstanbul'da öldü.